海洋馆工程建设旅游给水族馆带来了可观的经济效益，但对水生动物却产生了一些负面影响，由于游人的增多，影响水生动物的正常生活，导致它们受到惊吓、受伤而死。此外在捕捉和运输海洋哺乳动物的过程中，也会造成动物大量死亡。有数字表明，仅英国就有约三百头海豚死于运输过程中，或死在水族馆内。此外，对于海豚这样的动物，它们的栖息环境应该是广阔无垠的大海，而不是数十平方米的狭小水池。从动物行为学方面来看，长期囚禁在狭小空间中的动物往往会表现出很多失常行为，动物行为学家和动物心理学家认为这是圈养动物精神失常的表现:从动物权益角度讲，将野外自由生活雷同，定位不准的问题比较突出。即展示主题不明确，展示模式不系统，展示内容不完整，给人一种海洋文化体现不深刻的印象，没有把海洋文化充分的挖掘出来，只给游客留下生物色彩绚丽的外观感觉，无法让游客在体会到海洋世界的奥秘和奇妙后回味无穷。我国水族馆应当朝着精细的方向发展，建造自身风格独特、主题明确、内的动物们捕捉并饲养在海洋馆这样的狭小环境下，既对动物自身的身心健康造成严重的伤害，也有驳于对水生动物进行保护的初衷。于2005年12月底刚刚开业的哈尔滨极地海洋馆，最近就出现了严重的水生生物死亡现象，主要原因就是人造海水与天然海水的差别，造成海洋生物不适应人造海水的环境，从而导致其死亡。